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Gli amminoacidi sono gli elementi costruttivi delle proteine. Le proteine sono definite dalla loro unica sequenza dei prodotti di questi legami; questa sequenza è detta struttura primaria della proteina. Allo stesso modo in cui le lettere dell'alfabeto possono combinarsi a formare una infinita varietà di parole, così gli amminoacidi possono legarsi per formare una immensa varietà di proteine.
Nella struttiua di tutti gli amminoacidi c'è sia il gruppo funzionale amminico (-NH2) sia quello carbossilico (-COOH), come nella figura al lato. Ogni amminoacido presenta uno specifico gruppo laterale (detto anche gruppo R). In funzione delle proprietà chimiche di tale gruppo, un amminoacido viene classificato come acido o basico, idrofilo (o polare) o idrofobo (o apolare).
La reazione di legame tra due amminoacidi avviene con l'eliminazione della molecola d'acqua a formare il cosidetto legame peptidico. Nella tabella qui sotto l'elenco dei venti aminoacidi con le loro caratteristiche: cliccando su ognuno potrete raggiungere il Wiki di Foldit e studiarne le caratteristiche chimiche e vederne la rappresentazione schematica.
| Amminoacido | Sigla | Lettera | Polarità del gruppo laterale | Acidità o basicità del gruppo laterale | Indice idropatico[1] |
|---|---|---|---|---|---|
| Alanina | Ala | A | apolare | neutro | 1.8 |
| Arginina | Arg | R | polare | basico (fortemente) | -4.5 |
| Asparagina | Asn | N | polare | neutro | -3.5 |
| Acido aspartico | Asp | D | polare | acido | -3.5 |
| Cisteina | Cys | C | polare | neutro | 2.5 |
| Acido glutammico | Glu | E | polare | acido | -3.5 |
| Glutammina | Gln | Q | polare | neutro | -3.5 |
| Glicina | Gly | G | apolare | neutro | -0.4 |
| Istidina | His | H | polare | basico (debolmente) | -3.2 |
| Isoleucina | Ile | I | apolare | neutro | 4.5 |
| Leucina | Leu | L | apolare | neutro | 3.8 |
| Lisina | Lys | K | polare | basico | -3.9 |
| Metionina | Met | M | apolare | neutro | 1.9 |
| Fenilalanina | Phe | F | apolare | neutro | 2.8 |
| Prolina | Pro | P | apolare | neutro | -1.6 |
| Serina | Ser | S | polare | neutro | -0.8 |
| Treonina | Thr | T | polare | neutro | -0.7 |
| Triptofano | Trp | W | apolare | neutro | -0.9 |
| Tirosina | Tyr | Y | polare | neutro | -1.3 |
| Valina | Val | V | apolare | neutro | 4.2 |